Bioinformatics Center

User Tools

Site Tools

You are here: home » infrastructure » solu
infrastructure:solu

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision 		Previous revision
Next revision Both sides next revision
infrastructure:solu [30.09.2019 13:36]
Teemu Kuulasmaa 		infrastructure:solu [14.03.2020 13:58]
Teemu Kuulasmaa [Available reference data set]
Line 16: Line 16:
  
  
-## Available reference data set+### Available reference data set 
 + 
 +All the available reference data sets are provided as-is. They are unmodified copies of the original files. 
  
 ### iGenomes ### iGenomes
 +
 +URL: [[https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html]]
  
 Following reference genomes can be found from the ** /apps/genomes/iGenomes ** folder. Following reference genomes can be found from the ** /apps/genomes/iGenomes ** folder.
Line 30: Line 34:
  
 ^Mus musculus ^Version^ ^Mus musculus ^Version^
-|mm9                             |   UCSC       | +|mm9                              |   UCSC       | 
-|mm10                             |   UCSC          |+|mm10                             |   UCSC       |
  
 ^Rattus norvegicus ^Version^ ^Rattus norvegicus ^Version^
-|rn4                             |   UCSC       |+|rn4                              |   UCSC       |
  
 ### gnomAD ### gnomAD
  
-Following reference genomes can be found from the ** /apps/genomes/gnomAD ** folder.+URL: [[https://gnomad.broadinstitute.org/downloads]]
  
-^Home sapiens ^Version^ +Following variants can be found from the ** /research/groups/bioinformaticians/gnomAD-hg19-r2.1.1 ** folder. 
-|Exome variants (.vcf.bgz)         |   gnomAD 2.1.1 / hg19       | + 
-|Genome variants (.vcf.bgz)        |   gnomAD 2.1.1 / hg19       |+^Data set ^Version^ 
 +|Exome variants (.vcf.bgz, tbi)          |   gnomAD 2.1.1 / hg19       | 
 +|Exome calling regions (.interval list)  |   gnomAD 2.1.1 / hg19       | 
 +|Genome variants (.vcf.bgz, tbi)         |   gnomAD 2.1.1 / hg19       | 
 +|Genome calling regions (.interval list) |   gnomAD 2.1.1 / hg19       | 
 +|Structural variants (.vcf.gz, tbi)      |   gnomAD 2.1.1 / hg19       |
  
 ### Applications ### Applications
Line 62: Line 71:
  
 In the terminal, you can see the list of available software packages by command  In the terminal, you can see the list of available software packages by command 
-'modul avail'. A short list of available applications (19.06.2019) below:+'modul avail'. A short list of available applications (13.01.2020) below:
        
-   homer/4.9.1                         kallisto/0.43.1               seqan/2.4.0 +   bamtools/2.5.1                      cufflinks/2.2.1         mothur/1.40.5              r/3.5.3 
-   bamtools/2.5.1                      cufflinks/2.2.1               matlab/R2018b              r/3.6.0          (L,D) +   bamutil/1.0.13                      datamash/1.3            openjdk/11.0.2             r/3.6.0 
-   bamutil/1.0.13                      datamash/1.3                  mono/5.4.1.7               samtools/1.9 +   bcftools/1.9                        diamond/0.9.21          openmpi/1.10.7-2           r/3.6.1           (D) 
-   bcftools/1.9                        diamond/0.9.21                openmpi/1.10.7-2           star/2.5.1b +   bedtools2/2.27.1                    fastqc/0.11.7           picard/2.18.3              samtools/1.9 
-   bedtools2/2.27.1                    fastqc/0.11.7                 picard/2.18.3              star/2.5.4b +   blast-plus/2.7.1                    fastx-toolkit/0.0.14    plink/1.07                 sra-toolkit/2.9.2 
-   bowtie/1.2                          fastx-toolkit/0.0.14          plink/1.07                 star/2.6.1b      (D) +   bowtie/1.2                          gcc/8.2.0               plink/1.90b6.12     (D)    star/2.5.1b 
-   bowtie2/2.3.4.1-python-3.7.0        gcc/8.2.0                     prinseq-lite/0.20.4        tabix/2013-12-16 +   bowtie/1.2.3                 (D)    hisat2/2.1.0            prinseq-lite/0.20.4        star/2.5.4b 
-   breakdancer/master                  hisat2/2.1.0                  python/2.7.15       (L)    trimmomatic/0.36 +   bowtie2/2.3.4.1-python-3.7.0        hmmer/3.0               python/2.7.15              star/2.6.1b       (D) 
-   breakdancer/1.4.5            (D)    htslib/1.9                    python/3.7.0               vcftools/0.1.14 +   breakdancer/master                  htslib/1.9              python/2.7.17              tabix/2013-12-16 
-   bwa/0.7.17                          jdk/11.0.3                    python/3.7.3        (D) +   breakdancer/1.4.5            (D)    jdk/12.0.1              python/3.7.0               trimmomatic/0.36 
-   clustalw/2.1                        jdk/12.0.1           (L,D)    r/3.5.1+   bwa/0.7.17                          matlab/R2018b           python/3.7.3        (D)    vcftools/0.1.14 
 +   clustalw/2.1                        mono/5.4.1.7            r/3.5.1                    seqan/2.4.0 
 +   kallisto/0.43.1                     homer/4.9.1             homer/4.10 (D)
  
 ### Lmod Module Environment ### Lmod Module Environment
infrastructure/solu.txt · Last modified: 13.10.2020 12:14 by Juha Kekäläinen

Page Tools