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guides:bix

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guides:bix [20.10.2016 14:09]
Juha Kekäläinen 		— (current)
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-# BIX servers 
  
-## Hostnames 
- 
- * bix1.uef.fi 
- * bix2.uef.fi 
- * bix3.uef.fi 
- 
-## System Specs 
- 
-Three identical Dell Blade servers with the following specs: 
- 
-* Dell Blade M620 Server 
-* 2 x Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2650 0 2.00 GHz 
-* 192 GB DDR3 EEC 1333 MHz 
-* CentOS 7.2 
-* Connected to bio-fs1.uef.fi fileserver 
- 
-## Remote Connections 
- 
-User can take remote connection to the BIX1-server from the university network with **SSH** applications or with **Remote Desktop Connection** application. Good choices for the SSH are [WinSCP](https://winscp.net/eng/index.php) for file transfer and [PuTTy](http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/) for the terminal access. 
- 
-At the time of writing access to BIX2 and BIX3 are only allowed with SLURM jobs. 
- 
-Remote Desktop Connection comes with the Windows operating system and it can be found from the Windows start menu. 
- 
-From the home or from the eduroam network user must use **codon.uef.fi** SSH Gateway server to connect BIX-servers. 
- 
-It is also possible to connect BIX-servers with the Citrix Receiver. 
- 
-## Applications 
- 
-Applications are installed into **/usr/local/stow** folder and symbolic links are made to **/usr/local/bin** folder with [Stow](https://www.gnu.org/software/stow/) utility. Java-applications are installed into **/usr/local/java** folder. Also **Homer** (/usr/local/homer) and **MATLAB** (/usr/local/MATLAB) have custom locations. 
- 
-Different versions of applications (if available) can be loaded to current environment with [*module*](http://modules.sourceforge.net/) command. For example *module load python/3.5.1*. 
- 
-To see all available modules use *module avail* command 
- 
-^Application ^Version ^Path^ 
-|AGE                             |   0.4            |  /usr/local/stow/AGE/no_omp/| 
-|Bamtools                        |   2.4.0          |  /usr/local/stow/bamtools/2.4.0/| 
-|BCF Tools                       |   1.3.1          |  /usr/local/stow/bcftools/1.3.1/| 
-|BisSNP                          |  0.82.2          |  /usr/local/java/BisSNP/0.82.2/| 
-|Bowtie 1                        |   1.1.2          |  /usr/local/stow/bowtie/1.1.2/| 
-|Bowtie 2                        |  2.2.9           |  /usr/local/stow/bowtie/2.29/| 
-|BWA                             |  0.7.13          |  /usr/local/stow/bwa/0.7.13/| 
-|CGATools                        |   1.8.0.1        |  /usr/local/stow/cgatools/1.8.0.1/| 
-|Clustal-Omega                   |  1.21            |  /usr/local/stow/clustal-omega/1.2.1/| 
-|Cufflinks                       |  2.2.1           |  /usr/local/stow/cufflinks/2.2.1/| 
-|Cytoscape                       |  3.4.0           |  /usr/local/java/cytoscape/3.4.0/| 
-|Denovogear                      |  1.1.1           |  /usr/local/stow/denovogear/1.1.1/| 
-|FastQC                          |  0.11.5          |  /usr/local/stow/fastqc/0.11.5/| 
-|Fastx Toolkit                   |  0.0.14          |  /usr/local/stow/fastx\_toolkit/0.0.14/| 
-|FindTranslocations              |  Git 16.04.2016  |  /usr/local/stow/FindTranslocations/git/| 
-|Freebayes                       |  1.0.2-16        |  /usr/local/stow/freebayes/v1.0.2-16-gd466dde/| 
-|FSL                             |  5.0.9           |  /usr/local/stow/fsl/5.0.9/| 
-|Genome Analysis Toolkit (GATK)  |  3.5             |  /usr/local/java/GATK/3.5/| 
-|HiCUP                           |  0.5.8           |  /usr/local/stow/hicup/0.5.8/| 
-|HISAT                           |  2.0.3-beta      |  /usr/local/stow/hisat/2.0.3-beta/| 
-|HMMER                           |  3.1b2           |  /usr/local/stow/hmmer/3.1b2/| 
-|Homer                           |  4.8             |  /usr/local/homer/4.8/| 
-|IGV                             |  2.3.72          |  /usr/local/java/IGV/2.3.72/| 
-|Kallisto                        |  0.42.5          |  /usr/local/stow/kallisto/0.42.5/| 
-|Lumpy                           |  0.2.13          |  /usr/local/stow/lumpy/0.2.13/| 
-|MACS                            |  1.4.2           |  Python 2.7| 
-|MACS2                           |  2.1.1           |  Python 2.7| 
-|Manta                           |  0.29.6          |  /usr/local/stow/manta/0.29.6/| 
-|MATLAB                          |  R2015b          |  /usr/local/MATLAB/R2015b/| 
-|MetaSV                          |  0.5.2           |  /usr/lib/python2.7/site-packages/metasv/| 
-|mlpack                          |  2.0.1           |  /usr/local/stow/mlpack/2.0.1/| 
-|Mothur                          |  1.37            |  /usr/local/stow/mothur/1.37/| 
-|Mrtrix3                         |  Git 04.05.2016  |  /usr/local/stow/mrtrix3/git/| 
-|NGSQC Toolkit                   |  2.3.3           |  /usr/local/stow/NGSQCToolkit/2.3.3/| 
-|Picard-Tools                    |  2.2.2           |  /usr/local/java/picard/2.2.2/| 
-|PLINK                           |  0.190b3p        |  /usr/local/stow/plink/1.90b3p/| 
-|Pypette                         |  0.7.1           |  /usr/local/stow/pypette-0.7.1/| 
-|Python                          |  3.5.1           |  /usr/local/stow/python/3.5.1/| 
-|R 3.2.3                         |  3.2.3           |  default| 
-|R 3.3.1                         |  3.3.1           |  /usr/local/stow/R/3.3.1/| 
-|SAINTexpress                    |  3.6\_2014-12-04 |  /usr/local/stow/SAINTexpress/3.6\_2014-12-04/| 
-|Sambamba                        |  0.6.0           |  /usr/local/stow/sambamba/0.6.0/| 
-|SPAdes                          |  3.7.1           |  /usr/local/stow/SPAdes/3.7.1/| 
-|SRA Toolkit                     |  2.6.2           |  /usr/local/stow/sratoolkit/2.6.2/| 
-|STAR                            |  2.5.1b          |  /usr/local/stow/STAR/2.5.1b/| 
-|Stringtie                       |  1.2.2           |  /usr/local/stow/stringtie/1.2.2/| 
-|TopHat                          |  1.4.1           |  /usr/local/stow/tophat/1.4.1/| 
-|TopHat                          |  2.1.1           |  /usr/local/stow/tophat/2.1.1/| 
-|Trimmomatic                     |  0.33            |  /usr/local/java/Trimmomatic/0.33/| 
-|UCSC Tools                      |                  |  /usr/local/stow/ucsc\_tools/| 
-|VCFTools                        |  0.1.13          |  /usr/local/stow/vcftools/0.1.13/| 
-|WebLogo                         |  2.8.2           |  /usr/local/stow/weblogo/2.8.2/| 
-|Weka                            |  3.6.12          |  /usr/local/java/weka/3.6.12/| 
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