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guides:available-applications [13.10.2020 12:23]
Juha Kekäläinen 		guides:available-applications [09.06.2021 14:10] (current)
Administrator
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 This will give you an list of all the available modules. This will give you an list of all the available modules.
-For example list of available applications on SAMPO cluster (13.01.2020):+For example list of available applications on SAMPO cluster (09.06.2021):
        
-   ambertools/20      eagle/2.4.1                  nextflow/19.10          snptest/2.5.2 +   ambertools/20      freesurfer/7.1          nextflow/19.10               sentieon/201911      texlive/2019 
-   bcl2fastq2/2.20    freesurfer/7.1               nf-core/1.8             snptest/2.5.4-beta3 +   bcl2fastq2/2.20    igv/2.8.0               nextflow/20.12.0-edge        sentieon/202010      sra-toolkit/2.9.2 
-   chilin/2.0         igv/2.8.0                    sentieon/201911         texlive/2019 +   chilin/2.0         macs/2.2.7.1            nextflow/21.04.1             shapeit/2.17         star/2.6.1b 
-   cuda/10.1          minimac4/1.0.2               shapeit/2.17            vcftools/0.1.14 +   cuda/10.1          minimac4/1.0.2          nf-core/1.8                  snptest/2.5.2        vcftools/0.1.14 
-   bamtools/2.5.1     fastqc/0.11.7                openmpi/1.10.7-2        r/3.5.3 +   eagle/2.4.1        msdial/4.60             pyega3/3.4.1                 snptest/2.5.4-beta3  stringtie/1.3.4a  
-   bamutil/1.0.13     fastx-toolkit/0.0.14         openmpi/3.1.4           r/3.6.1 +   bamtools/2.5.1     clustalw/2.1            matlab/R2015b                python/2.7.15        tabix/2013-12-16 
-   bcftools/1.9       freebayes/1.1.0              picard/2.18.3           r/4.0.0 +   bamutil/1.0.13     cufflinks/2.2.1         matlab/R2018b                python/2.7.17        trimmomatic/0.36 
-   bedtools2/2.27.1   hisat2/2.1.0                 plink/1.07              samtools/1.9 +   bcftools/1.9       diamond/0.9.21          openjdk/1.8.0_202-b08        python/3.7.0          
-   bowtie/1.2.3       homer/4.10                   plink/1.90b6.12         sra-toolkit/2.9.2 +   bcftools/1.10.2    fastqc/0.11.7           openjdk/11.0.2               python/3.7.3          
-   bowtie2/2.3.4.1    htslib/1.9                   plink/2.00a2.3LM        star/2.6.1b +   bedops/2.4.39      fastx-toolkit/0.0.14    openmpi/1.10.7-2             r/3.5.3               
-   bwa/0.7.17         matlab/R2015b                python/2.7.15           stringtie/1.3.4a +   bedtools2/2.27.1   freebayes/1.1.0         openmpi/3.1.4                r/3.6.1               
-   clustalw/2.1       matlab/R2018b                python/2.7.17           tabix/2013-12-16 +   bedtools2/2.29.2   gcc/8.2.0               picard/2.18.3                r/4.0.0           
-   cufflinks/2.2.1    openjdk/1.8.0_202-b08        python/3.7.0            trimmomatic/0.36 +   bowtie/1.2.3       hisat2/2.1.0            plink/1.07                   samtools/1.9 
-   diamond/0.9.21     openjdk/11.0.2               python/3.7.3+   bowtie2/2.3.4.1    homer/4.10              plink/1.90b6.12              samtools/1.10     
 +   bwa/0.7.17         htslib/1.9              plink/2.00a2.3LM             seqtk/1.3
  
 +
 +** You can search for an package with 'spider' command**
 +
 +    module spider homer
  
 ** To activate the application you can use the following command** ** To activate the application you can use the following command**
guides/available-applications.1602581011.txt.gz · Last modified: 13.10.2020 12:23 by Juha Kekäläinen

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